Создан в рамках Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Белоруссия о долгосрочном сотрудничестве Калининградской области Российской Федерации с областями, министерствами, органами государственного управления Республики Белоруссия от 14 октября 1999 г.

 Традиционно с российской стороны Совет возглавляет Губернатор Калининградской области, с белорусской - Заместитель Премьер-министра Республики Беларусь.

В соответствии с Положением о РБС, утвержденным Исполнительным комитетом Союза России и Белоруссии, его заседания с 2000 г. проводятся ежегодно и поочередно на территории каждой стороны.

Для проведения практической работы по  реализации двусторонних договоренностей в составе Совета по взаимному согласованию сопредседателями российской и белорусской частей Совета созданы комиссии. На седьмом заседании Совета было принято решение о реструктуризации Совета.  Подписан двусторонний акт об образовании в структуре Совета семи следующих комиссий:

по агропромышленному и рыбопромышленному комплексам;

по промышленности, энергетике, деревообрабатывающей и целлюлозно-бумажной промышленности;

по культуре, образованию,  информационному обмену и молодежной политике;

по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству;

по транзиту, таможенным вопросам и транспорту; 

по экономике, торговле, правовой взаимопомощи, выставочной деятельности и взаимодействию со структурами Союзного государства;

по здравоохранению, спорту и туризму.

Шестнадцатое заседание Совета состоялось 25 ноября 2019 года в Минске.

По итогам заседания были подписаны «Протокол шестнадцатого заседания Российско-Белорусского Совета по долгосрочному сотрудничеству Калининградской области Российской Федерации с областями, министерствами и органами государственного управления Республики Беларусь» и План мероприятий по сотрудничеству Республики Беларусь и Калининградской области Российской Федерации на 2020-2021 годы.